Le cellule nervose comunicano con altre cellule nervose rilasciando neurotrasmettitori, che creano un impulso elettrico in altre cellule. Nelle persone depressi, è stato dimostrato che l'attività elettrica in alcune aree del cervello è ridotta. Il trattamento rTMS utilizza una bobina elettromagnetica, per pulsare rapidamente un campo magnetico nell'area mirata del cervello.
Gli impulsi elettromagnetici inducono una corrente elettrica nel cervello, stimolando le cellule nervose, aumentando l'attività cerebrale a livelli normali.